Sau khi lực lượng vũ trang của chiến dịch chặn đánh thắng lợi một đoàn xe quân sự gần 100 chiếc của địch tại Quảng Nam, ông trực tiếp đi kiểm tra lại kết quả của trận đánh, thì chẳng may vướng phải mìn.
Đến năm 1963, giữa khí thế cách mạng của đồng bào miền Nam trào dâng mạnh mẽ, chế độ Ngô Đình Diệm sụp đổ, chính quyền Sài Gòn lâm vào khủng hoảng trầm trọng, đảo chính diễn ra triền miên không dứt cho đến khi Mỹ "chọn đúng người" là Nguyễn Văn Thiệu. Lợi dụng triệt để tình hình rối ren đó, cách mạng miền Nam quật khởi. Thời gian này, vào cuối năm 1962, khi chia tách Quảng Nam - Đà Nẵng thành hai tỉnh Quảng Nam và Quảng Đà, ông Mười Khôi làm Bí thư Tỉnh ủy Quảng Nam. Đầu năm 1963, ông trở thành Khu ủy viên Khu 5, phụ trách Bí thư Quảng Nam kiêm Bí thư chiến dịch Quảng Nam, Quảng Ngãi, đồng thời làm Trưởng ban Kiểm tra Đảng của Khu. Về tình hình chiến trường, ông Mười Khôi kể lại: "... (có khi) ta cho một tiểu đoàn, chia ra, có nơi 7 đồng chí đối phó với 3 tiểu đoàn địch..., có nơi 3 đồng chí đối phó với 2 tiểu đoàn. Phối hợp với tiến công của quân đội, ta dùng bạo lực của quần chúng diệt tề, trừ gian, lật chính quyền địch, làm chủ thôn xã. Bất cứ nơi nào ở nông thôn mà quần chúng nổi dậy thì nơi đó đều có kết quả.
Địch phản ứng lại, chúng quay đại bác bắn xuống các xã vùng biển, đánh lại Thăng An, ta chuyển lên Kỳ Anh, từ trên núi ta đánh ép xuống. Những nơi tập trung của chúng ta chưa đụng đến, như Cẩm Khê, cầu Hà Châu, Kỳ Sanh, Đức Phú. Sau đó ta làm tiếp một mảng thứ hai từ Kỳ Sanh ra Cao Ngạn, Quế Sơn, Hòa Liên, giải phóng nửa xã Quế Phong, nửa xã Quế Châu, toàn xã Quế Hiệp, cả xã Tây Viên là Sơn Phúc, Sơn Thọ, Trung Phước. Mảng thứ ba, ta giải phóng từ miền núi Đại Lộc trở xuống ra đến biển. Tiếp một mảng nữa, ta giải phóng từ Diêm Phổ (Tam Xuân) xuống An Hòa ra Tam Tiến. Số dân được giải phóng tất cả là 470.000 ở bắc Quảng Nam và 340.000 ở nam Quảng Nam, tức là gần xong vùng nông thôn trong tỉnh" (tài liệu đã dẫn). Như vậy là từ những ngọn lửa được ông Mười Khôi và một số rất ít những đồng chí trung kiên bền bỉ duy trì cùng nỗi hờn căm của nhân dân bị dồn nén, chỉ trong vòng 1960 đến 1965, đã bùng lên thành thế trận chiến tranh nhân dân thiên la địa võng, tiến công địch bằng "hai chân ba mũi giáp công" (hai chân: quân sự, chính trị; ba mũi: quân sự, chính trị, binh vận), thực hiện làm chủ trên ba vùng chiến lược (miền núi, nông thôn đồng bằng và đô thị), liên kết phối hợp với toàn khu, với toàn miền Nam đánh bại chiến lược "chiến tranh đặc biệt" của Mỹ. Trước khi nhân dân miền Nam đánh bại cuộc chiến tranh đặc biệt thì ở Quảng Nam diễn ra một thảm họa thiên tai lịch sử. Đó là trận lụt năm Thìn 1964. Nhắc lại trận lụt này để thấy Đảng Cộng sản hồi đó đã hành xử như thế nào. Ông Mười Khôi nhớ lại:
"Lụt từ trên nguồn đổ xuống bốn hướng. Từ Phước Sơn, Tân An xuống Giảng Hòa, từ sông Giằng, từ Tam Sơn xuống Tam Kỳ và từ Tam Kỳ xuống Bàu Bầu, An Hòa. Trận lụt to làm nước xuống rất mạnh đến nỗi núi lở từng cụm từng mảng, đẩy những tảng đá như cái nhà cái nong trôi đi, ở Trà My, Phước Sơn. Lụt đã mở thêm ra hai cửa biển và đổi cả dòng sông. Ruộng bị lấp ở Phương Đông, Dương Yên thành như sân bay. Ở Giảng Hòa 480 dân chết hết 400, đất lở hết không còn làng nữa. Trong tỉnh, 3.000 mẫu ruộng bị lấp, gần 6.000 người chết, huyện Quế Sơn là nặng nhất... Heo, gà, trâu, bò bị trôi có đến 3 vạn con, tấp xuống ven biển làm thành một bờ đê súc vật. Mùa gặt đã thu hoạch về bị mất 35%. Khoai lúa còn ngoài đồng mất từ 70 đến 90%. Sinh lực bị hao kiệt... Trong Liên khu, 13 tỉnh đều bị lụt, nhẹ là Trị Thiên, nặng nhất là Quảng Nam, Quảng Ngãi, Bình Định. Khu chủ trương xuất hai phần ba ngân sách của khu để cứu trợ, cố gắng bằng mọi cách không để cho đồng bào bị đói kiệt, mặt khác vận động đồng bào trong tỉnh tương trợ tự cứu, vận động đồng bào Nam Bộ ra giúp... Do ảnh hưởng của lụt nên hoạt động quân sự của ta có yếu hơn, nhưng vẫn bằng hai thời kháng chiến chống Pháp" (tài liệu đã dẫn). Đầu năm 1965, ông Mười Khôi được Khu ủy phân công trực tiếp phụ trách chiến dịch đánh địch mở rộng vùng giải phóng xuống đồng bằng hai tỉnh Quảng Nam và Quảng Ngãi, kiêm chính ủy Trung đoàn 1. Sau khi lực lượng vũ trang của chiến dịch chặn đánh thắng lợi một đoàn xe quân sự gần 100 chiếc của địch tại Quảng Nam, ông trực tiếp đi kiểm tra lại kết quả của trận đánh, thì chẳng may vướng phải mìn, ông bị thương cụt mất một chân. Bí thư Khu ủy Võ Chí Công nghe tin ngửa mặt lên trời: "Mất Mười Khôi là mất một mũi tiến công !". Cựu Chủ tịch Hội đồng Nhà nước Võ Chí Công đánh giá công lao của ông Mười Khôi trong thời kỳ này: "Đồng chí Phạm Khôi đã cùng tỉnh ủy nhạy bén tổ chức thực hiện, xây dựng lực lượng bộ đội địa phương, lực lượng chính trị, sớm đưa du kích chiến tranh và đấu tranh chính trị, binh vận của Quảng Nam thành cao trào quần chúng sôi nổi, dẫn đầu phong trào du kích chiến tranh và đấu tranh chính trị trong toàn Khu 5.
Cựu Phó tổng Thanh tra Nhà nước Trần Thận, trong thư kiến nghị phong anh hùng cho ông Mười Khôi cũng nhấn mạnh: "Đồng chí Phạm Khôi là cán bộ mẫu mực, trung kiên của Đảng, tận tụy với công việc của Đảng giao, trong công tác, chiến đấu đồng chí là người xung phong, gương mẫu đi đầu, kiên quyết tấn công kẻ thù trong mọi tình huống, nhiều trận đánh đồng chí là chính trị viên gương mẫu, đi đầu trong các mũi tiến công". Ông Trần Thận từ năm 1960 là người phụ trách quân sự của tỉnh, từng là Bí thư Tỉnh ủy Quảng Nam, Bí thư Đặc khu ủy Quảng Đà trong những năm chống Mỹ ác liệt. Ông Thận cũng là một nhân vật đặc biệt, là người tổ chức kháng chiến tài ba và nổi tiếng quyết đoán, cuộc đời ông thầm lặng nhưng đã để lại những dấu ấn không phai mờ trong lòng cán bộ, đảng viên và nhân dân Quảng Nam, Đà Nẵng trong những năm chống Mỹ, cứu nước. Nói về chuyện ông Mười Khôi bị thương, người bảo vệ cũ của ông là ông Đặng Công Quyện đến bây giờ vẫn còn ấm ức. Ông Quyện nói: "Tui đi với ổng bao nhiêu năm tui biết, đi đâu cũng đi trước, chỗ khó mấy ổng cũng xông vào. Tui phải bảo vệ từng li từng tí. Tiếc rằng lúc ổng bị thương tui không còn đi với ổng nữa, lúc đó tui đã chuyển sang giao bưu rồi. Nếu còn tui chưa chắc ổng bị thương". Chúng tôi hỏi tại sao, ông Quyện quả quyết: "Tui phải cãi ổng, phải ngăn chặn không để ổng vào nơi nguy hiểm chứ". Ông Quyện nói tiếp: "Sau khi ổng bị thương, tôi được điều lên chăm sóc ổng. Ổng cứ than mãi: Chưa bao giờ phong trào lên xao xáo như thế này, mà mình thì mất một chân. Thật là tiếc!". Theo Hoàng Hải Vân (Thanh Niên)
Qua tấn công và nổi dậy, ta giải phóng một vùng lớn từ An Hòa ra Non Nước 80 cây số, bắt đầu từ Kỳ Phú (nửa Tam Thanh, Tam Kỳ) ra Thăng An, Thăng Triều (Thăng Bình), khu đông Cù Lao Chàm, khu 6 nửa Kim Bồng, nửa Cẩm Kim, 3/4 Thanh Hà (Hội An) ra Điện Nam, Điện Ngọc, Điện Dương (Điện Bàn) và Hòa Quý (Hòa Vang).
Ông Mười Khôi lúc trẻ - ảnh: tư liệu gia đình
Đồng chí Phạm Khôi là một người lãnh đạo dũng cảm, kiên cường, bám sát đơn vị, bám sát cơ sở, trực tiếp đi chuẩn bị chiến trường và chỉ đạo tác chiến, gương mẫu thực hiện tư tưởng "một tấc không đi, một li không rời" mà Quảng Nam bằng xương máu của mình đã đề xướng phong trào ấy. Đồng chí đã nêu cao hành động anh hùng rất cao cả, có tác dụng cổ vũ ý chí của quân dân Quảng Nam trong suốt thời kỳ đen tối 1954-1959 và thời kỳ đánh bại chiến lược chiến tranh đặc biệt..." (tài liệu đã dẫn).
Ông Đặng Công Quyện - ảnh: Lê Văn Thọ