Như tiêu đề đã đề cập ở trên, bạn thậm chí có thể cài đặt cả một hệ điều hành lên trên ổ USB của mình. Trong phần này chúng tôi xin đề cập đến cách cài đặt các hệ điều hành như vậy lên ổ USB của bạn.
 
Hệ điều hành Windows CE

Windows CE đã được biết đến rất nhiều với vai trò là hệ điều hành dành cho các thiết bị trợ giúp cá nhân PDA. Nhưng với một chiếc ổ USB thôi bạn cũng có thể cài đặt và chạy hệ điều hành này để thưởng thức sự khác biết với hệ điều hành Windows nguyên bản hay thử sử dụng trình duyệt IE và Windows Messenger “mini” chẳng hạn. Đây là các bước cài đặt dành cho bạn. Chú ý bạn nên dùng ổ USB có dung lượng cao một chút vì đây là cả một hệ điều hành – nó chiếm đến 32MB dung lượng đấy. Chỉ có một điều khác biệt là ở đây Windows CE không chạy trên môi trường thực sự của nó mà nó phải chạy thông qua một ứng dụng giả lập.
 
- Trước tiên bạn hãy tải về Windows CE 5.0 Device Emulator tại đây.
- Giải nén trình giả lập sang một thư mục trên ổ cứng máy PC của bạn bằng cách chạy “setup /a”. Trình cài đặt ngay lập tức sẽ hỏi bạn cần giải nén ra thư mục nào, bạn đưa đường dẫn thư mục là ok. Ví dụ D:\PortableCE
- Bạn tải về đoạn mã của trình giải lập tại đây (Nhắp chuột phải vào liên kết chọn Save target as). Khi tải về bạn nhớ đổi tên thành launchce.cmd nhé
- Sau khi bạn cài đặt thành công bạn hay copy toàn bộ thư mục D:\PortableCE lên ổ USB của bạn là ok.
- Để khởi động hệ điều hành bạn hãy cắm ổ USB của bạn vào một PC bất kỳ, tìm đến thư mục PortableCE sau đó chạy launchce.cmd.
 
Nếu là lần đầu tiên bạn chạy trình giả lập, thì khi PortableCE khởi động nó sẽ ngay lập tức khởi động trình duyệt web hoặc ứng dụng IM. Còn đối với các lần khởi động khác nó sẽ khởi động ứng dụng mà bạn làm việc lần cuối cùng. Bạn có thể bổ sung thêm các ứng dụng về sau này. Bạn có thể tham khảo thêm thông tin về việc cài đặt hệ điều hành này tại địa chỉ www.furrygoat.com/2004/12/portable_ce.html
 
Hệ điều hành Linux
 
Nếu bạn yêu cầu một hệ điều hành cần có tính bảo mật cao hơn thì bạn có thể cài đặt và chạy hệ điều Linux cũng được. Ứng dụng Portable Virtual Privacy Machine của Metropipe có dung lượng 125MB là một môi trường Linux hoàn hảo cho bạn yêu thích hệ điều hành. Đây là ứng dụng sử dụng phần mềm giả lập mã nguồn mở QEMU cho phép Linux chạy theo kiểu cửa sổ hay toàn màn hình trên một ổ USB được cắm vào một PC chạy hệ điều Windows. Hệ điều hành Linux dành cho ổ USB có tên là Damn Small Linux trong đó đã bao gồm cả trình duyệt Firefox, Thunderbird cũng như một số ứng dụng mã nguồn mở khác. Bạn có thể tham khảo thêm về việc cài đặt và chạy hệ điều hành Linux trên ổ USB tại địa chỉ sau  www.metropipe.net/ProductsPVPM.shtml.
 
Một tương lai dễ chịu hơn
 
Bắt đầu từ mùa thu năm 2005 bạn sẽ có thể có thêm một số ứng dụng khác như tường lửa ZoneAlarm phiên bản di động có thể chạy trên các ổ USB sử dụng chuẩn U3 ( www.u3.com ). Hoặc chỉ cần duy nhất một ứng dụng khởi động cho tất cả mọi chương trình tương thích chuẩn U3. Mặc dù điều này khiến cho công việc của bạn trở nên dễ dàng hơn rất nhiều nhưng như thế bạn cần phải có một ổ USB tương thích chuẩn U3, và cũng có nghĩa là không tương thích với ổ USB hiện thời của bạn. Nhưng dù sao thì vẫn còn có rất nhiều các phần mềm khác có tính năng không kém mấy. Bạn hãy chờ thêm 1 thời gian nữa vậy.